1. Исторически бележки
Пирин планина е една от най-оригиналните български планини. Разнообразието от условия, определено от релефните форми, високите върхове, изложението, основната скала и климатичните влияния, са причина за наличието на изключително разнообразна и интересна флора. Поради това планината представлява голям интерес за ботаниците.
Първите данни за флората и растителността на Пирин датират от първата половина на 19 век, когато известният Гьотингенски ботаник August Grisebach публикува своите съчинения "Reise durch Rumelien" (1843) и "Spicilegium Florae Rumelicae et Bithynicae" (1843). В тях той съобщава голям брой видове, установени по време на неговото пътешествие из Балканския полуостров, между тях и новоописаният от него от планината Пелистер вид Pinus peuce (бяла мура). По късни сведения представят Janka (1872-1873), (Velenovsky, 1891, 1898). Информация за флората и растителността на Пирин се съдържат в доклада на Байкушев (1900), където освен сведения за горите се съобщават голям брой планински растения, събрани от Johann Kellerer.
В началото на 20 век ценни сведения за флората на Пирин са публикувани отново от Velenovsky (1910), Degen (1911) и Урумов (1923), а също кратки съобщения, касещи отделни видове, публикувани и от други ботаници. През 1922 г. Н. Стоянов и Б. Стефанов представят обобщена фитогеографска и флористична характеристика на Пирин планина. В тази разработка авторите представят най-характерните особености на пиринската флора, като коментират най-характерните моменти съобразно екологичните условия, обусловени главно от надморската височина и характера на основната скала.
От този период е и съчинението за водорасловата флора на Пирин (Петков, 1925).
През следващите десетилетия за Пирин от различни ботаници са съобщени голям брой видове, както нови за планината, така и нови за България и за науката. Информацията в тях е главно флористична. "Флора на Пирин" (Китанов и Китанов, 1990) е обобщение на флората на планината, което, както посочват авторите, е насочено към широк кръг читатели и поради това не е написано строго научно. Независимо, че Национален парк Пирин заема само част от планината, в него е представена по-голямата част от нейната флора, с изключение на много топлолюбивите растителни видове, които не се "изкачват" над 1000 m надморска височина.
Въпреки големия интерес и многобройни проучвания, подробен пълен анализ на флората на Парка е направен едва през 1993 г. от Н. Андреев, във връзка с разработването на паркоустройствения проект.

2. Съвременно състояние на флората и растителността
В настоящия момент флората на НП Пирин включва около 1300 вида висши растения, което е около 1/3 от българската флора. Освен тях се срещат около 320 вида мъхове и няколко стотици вида водорасли.
Характерна особеност за пиринската флора е високият процент на ендемизъм. В Парка се срещат 18 локални ендемити, 15 български ендемити и няколко десетки балкански ендемити. Локалните ендемити растат само в Пирин и никъде другаде по света. Такива са например пирински мак (Papaver degenii), пиринска ливадина (Poa pirinica), урумов и кожухаров окситропис (Oxytropis urumovii и O. kozuharovii), яворкова клопачка (Rhinanthus javorkae), пиринска мащерка (Thymus perinicus), давидов лопен (Verbascum davidoffii), пиринска власатка (Festuca pirinica) и др. По-интересните от българските ендемити са фердинандова гъшарка (Arabis ferdinandi-coburgii), урумов кривец (Chondrilla urumoffii), българско вятърче (Jasione bulgarica), костова тлъстига (Sedum kostovii) и др. Балканските ендемити са най-многобройни, като много от тях са широкоразпространени видове. Балкански ендемити са напр. добре познатата бяла мура (Pinus peuce), златистата кандилка (Aquilegia aurea), дребнолюспестият карамфил (Dianthus microlepis), балканският зановец (Chamaecytisus absinthioides) и мн. др.
Много от растенията са редки и защитени. Такива са например познатият на всички еделвайс, някои видове тинтява, много орхидеи и др. видове, чиито имена не говорят много на неспециалистите. Много от растителните видове в НП "Пирин" са обект на опазване от редица международни конвенции и споразумения, които България е ратифицирала.
От растящите в Парка видове, в Червената книга на България са включени 126 вида, а 59 вида са защитени от закона.
Аналогично на флората, растителността на Пирин също е много оригинална и интересна. Тя може съвсем условно и не строго научно да се раздели на три височинни пояса: горски, субалпийски и алпийски пояс, всеки от които се характеризира със свой специфичен облик. Освен във височинен план растителността може да бъде класифицирана също в няколко основни групи: 1) Горски растителни съобщества; 2) Храстови съобщества от субалпийския пояс; 3) Тревни съобщества - горски поляни, субалпийски и алпийски пасища; 4) скални съобщества; 5) съобщества край водни басейни; 6) съобщества от вторичен характер, резултат от антропогенна дейност. Анализът на растителността досега е правен главно по доминантния метод. Съвременният флористичен метод е приложен ограничено само за съобществата на черната мура и за високопланинскката растителност.
В горския пояс обликът на растителността се определя от главните наши иглолистни видове: бял и черен бор (Pinus sylvestris и P. nigra), обикновена ела (Abies alba), об. смърч (Picea abies), двата ендемични вида бор - бяла и черна мура (Pinus peuce и P. heldreichii) и обикновеният бук (Fagus sylvatica). Обикновено съобществата на елата, смърча и бука заемат по-влажните и по-богати местообитания, главно на сенчести изложения, а боровете се "настаняват" на слънчеви и по-сухи и бедни местообитания. В парка са установени над 140 горски различни горски съобщества. Освен типични горски съобщества, в горския пояс се срещат също редица скални, крайречни и ливадни съобщества.
Растителността в субалпийския пояс е представена от съобществата на клека (Pinus mugo), сибирската хвойна (Juniperus sibirica), а също от твърде разнообразни тревни и пасищни формации, в които присъстват голям брой редки растения. Много от съобществата са доминирани от ендемични видове, като качулатата гъжва (Sesleria comosa), мощната власатка (Festuca valida) и др. Много характерна е растителността около водните басейни - езера и потоци - в която преобладават различни влаголюбиви растения, главно от род острица (Carex).
Алпийският пояс се характеризира с изключително разнообразна растителност. Това разнообразие се обуславя от специфичността на микроусловията на средата, което довежда до редуването на тревни и скални съобщества, а растителните групировки дори в непосредствена близост могат рязко да се отличават. Характерно за съобществата от алпийския пояс е присъствието в тях на голям брой ендемични видове, особено във варовитите части на планината. Много специфични също са съобществата, образувани около топящите се "вечни" преспи.
Антропогенната растителност заема сравнително малка площ. В повечето случаи тя е резултат от интензивното животновъдство и е представена главно от т. нар. "егречни съобщества" с алпийски лапад (Rumex alpinus), дълголистен лопен (Verbascum longifolium) и някои други видове. Като антропогенна може да се класифицира и растителността върху сечищата, върху някои участъци от ски-пистите, край хижите и други терени, свързани с туристическата дейност, но тя имат съвсем ограничено разпространение.
Флората и растителността на НП Пирин се характеризират с изключително разнообразие и орогиналност. Независимо, че са само част от биотата, те са един от основните елементи, които формират облика на планината и в частност на Парка. Поради това те изискват нашето внимание, нашите грижи, разумно стопанисване и опазване, за да бъдат запазени и да красят планината и в бъдеще.