През различните етапи от историята на парка са действали управленски структури , свързани с централното ведомство, на което е бил на подчинение и действащата законова и нормативна уредба.
    До края на 1998 г. стопанисването , ползването и охраната на парковите територии се е осъществявало от съответните горски стопанства на подчинение на централното горско ведомство.
    След влизането в сила на ЗЗТ , приет от 38- то НС на 30.10.1998 г. и обнародван в Дв., бр. 133 от 11.11.1998 г. НП Пирин преминава на подчинение към МОСВ.
    Със Заповед № 505 /29.12.1998 г. на Министъра на ОСВ е образувана ДНП " Пирин ",считано от 01.01.1999 г. като самостоятелно юридическо лице на пряко подчинение на МОСВ със седалище гр. Банско и предмет на дейност:
    - Управление и охрана на парка;
    - Прилагане на плана за управление
    - Възлагане на дейности, предвидени в плана за управление
и Паркоустройствените планове и проекти
    - Координация и контрол върху дейности, курьерская доставка цветов Омск осъществявани от
други органи, организации и лица;
     - Мониторинг на компонентите на околната среда и
поддържане на база данни;
    - Санкциониране на нарушители
    Паркът се управлява на база ЗЗТ и Правилника за устройство на дейността на Дирекциите на Националните паркове, Паркоустройствен проект от 1993 г., в които са регламентирани всички дейности по поддържане на Парка. С разработването и утвържданане на плана за управление на НП " Пирин , ще се разполага с пълен пакет от законови нормативни бази ,свързани с управлението и охраната на НП
" Пирин "
    По сега действащия Паркоустройствен проект на територията > е извършено зонално разпределение с въведени режими за всяка зона. Това са :
    - територии със строг режим - резервати - заемащи 16 %
от общата площ.
    - Територии с временен статут на строга защита - заемат 3,1 %
    - Територии с направляван режим, в които се допуска човешка
намеса - представляват 80,9 % , в т. ч. с туристически функции 51,7 % ,със защитни функции 30,2 % и др. 18,1 %.
    За по-ефективно управление на парковите територии са
обособени пет паркови райони с общо 21 охранителни участъка .

Дейности на ДНП "Пирин "

    През трите години от създаването на Дирекцията ,ръководството е
работило в посока, свързана с нейното кадрово и материално обезпечаване, издигане и утвърждаване на авторитета й пред обществеността, като действащ регионален орган на МОСВ.
    Всички дейности са водени по предварително разработен и утвърден от МОСВ годишен план, съгласно предвижданията на действащия ПУП и правилника за устройството и дейността на ДНП утвърден от Министъра на ОСВ.
    Вниманието на служителите от парковата охрана основно е било насочено към:
-     Опазване на горите от пожари и незаконна сеч;
    - Недопускане на замърсяване с твърди битови отпадъци в
районите на хижи, почивни бази, центровете за обслужване на посетителите, места за краткотраен отдих по туристическите маршрути и др.
-     Повреди по наземната и вертикална туристическа
маркировка, архитектурните елементи и др.