През различните етапи от историята на парка са действали управленски структури, свързани с централното горско ведомство на което е бил на подчинение в съответствие с действащата законова и нормативна уредба.
     Важна година в историята на управлението е 1979 г. когато е създадена самостоятелна Дирекция на Народен парк "Пирин", със седалище гр. Банско към Министерство на горите и горската промишленост.
     През 1995 г. със Заповед № 200 от 05.07.1995 г. на Председателя на комитета по горите, Дирекцията на парка е закрита и са създадени две нови структурни звена , Горско стопанство Банско и Управление на Народен парк "Пирин" за провеждане на държавната политика по координация, методическо ръководство и контрол по изпълнение на паркоустройствения проект, научно-образователни, пропагандни и природозащитни дейности с обществеността на територията на НП "Пирин".
     Стопанисването, ползването и охраната на парковите територии до края на 1998 г. се е осъществявала от горските стопанства Разлог, Банско, Добринище, Места, Гоце Делчев, Катунци, Сандански, Кресна и Симитли, част от териториите на които са включени към Народен парк "Пирин".
     С приемането на Закона на защитените територии на 30.10.1998 г. и обнародван в Д.в, бр. 133 от 11.11.1998 г. на парка се определя статут на национален парк и преминава на подчинение на Министерство на околната среда и водите с площ 40332,4 ха.
     Със Заповед № 505 от 29.12.1998 г. на Министъра на околната среда и водите е образувана Дирекция на Национален парк "Пирин", считано от 01.01.1999 г. като самостоятелно юридическо лице на пряко подчинение на Министерството на околната среда и водите със седалище гр. Банско и предмет на дейност:

   1. Управление и охрана на парка
    2. Прилагане на плана за управление
    3. Възлагане на дейности, предвидени в плана за управление и паркоустройствените планове и проекти
    4. Координация и контрол върху дейности, осъществявани от други органи и организации и лица
    5. Мониторинг на компонентите на околната среда и поддържане на база данни
    6. Санкциониране на нарушители

    Със Заповед № 395 от 15.10.1999 г., Народен парк "Пирин" е прекатегоризиран в Национален със същото наименование.